تعرض المؤتمر الوطني لهزه عنيفة ، نتيجة الانقسام الذي ظهر في صفوفه بسبب الموقف من الاتفاق الإطاري ، الذي وقعه وفد المؤتمر الوطني بقيادة د. نافع على نافع نائب رئيس الحزب مع الحركة الشعبية وقد نظمت بعض الجهات داخل الحزب الحاكم المناوئة لنافع ، حملة ضد الاتفاق وضد نافع شاركت فيه ، بعض الصحف الموالية للحزب بجانب جريدة القوات المسلحة وبعض أئمة المساجد ، فضلاً عن بعض قيادات المؤتمر الوطني التي تبنت موقفاً متحفظاً من الاتفاق في اجتماع لقيادة الحزب . وقد اعتبر الحديث الذي ادلى به رئيس الجمهورية ، لدى عودته من الصين يوم الجمعة بمسجد كافوري، تعزيزاً وتأييداً للموقف المعارض للاتفاق . حيث اعلن الرئيس استمرار القتال في جنوب كردفان حتى القضاء على التمرد والقبض على عبدالعزيز الحلو رئيس الحركة الشعبية بجنوب كردفان ، وتقديمه للمحاكمة . غير ان النظام الذي بدا مرتبكاً ، ازاء الحملة المنظمة ضد نائب رئيس الحزب ، والرجل الثاني في الدولة ، قد عمل سريعاً لاحتواء الموقف، بتأكيد ان حديث الرئيس لا يتعارض مع التزام الحزب بالاتفاق الذي وقعه في اديس ابابا مع الحركة الشعبية . تبع ذلك مغادرة الوفد المفاوض لاديس ابابا لاستكمال المباحثات حول تفاصيل الاتفاق برعاية افريقية وبدعم امريكي . غير انه لم يتضح بعد مصير نافع ، وعما اذا كان سيلحق بصلاح قوش او ب علي عثمان.

فالحملة القاسية التي قادها الطيب مصطفى والهندي عز الدين واسحق احمد فضل الله ، ضد نافع ، استهدف ايضاً ، تصفية الحساب المؤجل مع علي عثمان باعتباره صانع نيفاشا الاولى ، والتي تعتبر في نظر خصومه هي السبب الاساسي لتدهور الاوضاع في البلاد ، فضلاً عن انفصال الجنوب . لقد اوجدت هذه الحملة ، التي حاولت الاستقواء بالجيش من خلال الصحيفة الناطقة باسمه شرخاً عميقا في النظام وحزبه الحاكم . كما انها المرة الاولى ، التي يتعرض فيها الدكتور نافع ، الرجل الثاني في النظام ، والذي يعتبر اكبر صقوره ، لحملة عاصفة وقاسية مما قد يعتبر مؤشراً للعد التنازلي لابتعاده عن المسرح السياسي ، على طريقة صلاح او على طريقة علي عثمان . وهو من الناحية الاخرى ، يعني بروز مركز قوة جديد على حساب مجموعة السته او السبعة ، التي يتردد بأنها هي التي تحتكر صناعة القرار السياسي، ويعتبر نافع عضوا فيها ، بجانب علي عثمان محمد طه.

وكما هو الحال مع اقالة صلاح قوش ، فان الاتفاق الاطاري / لم يكن غير ذريعة لاطلاق حملة منظمة لحرق نافع ، بناء على معطيات غير معلنة ، وخلافات قديمة .

ان الحاجة لايجاد كبش فداء ، لتحميله مسئولية انفصال الجنوب ، والاخفاقات التي تعاني منها البلاد في مختلف اوجه الحياة ، والحاجة للتغيير ، ستدفع نحو المزيد من الاختلافات والصراعات داخل النظام وحزبه الحاكم ، خصوصاً في المحاور المتعلقة بترتيبات اوضاع ما بعد 9 يوليو ، والتي تشمل حكومة جديدة ، وتوجهات وسياسات جديدة ، فضلاً عن ترتيبات خلافة البشير بعد نهاية ولايته الحالية . وفيما يبدو جانبا من الحزب الحاكم اقرب الى الاعتدال، فيما يتعلق بالإنفتاح على الداخل والخارج، للخروج بالبلاد من ازمتها، فإن الجانب الاخر والذي يبدو الاعلى صوتاً يدفع باتجاه التشدد والإنطلاق والعودة الى نهج التسعينات . وبين هذين التيارين بمكوناتهما المختلفة ورموزهما داخل النظام وحزبه الحاكم، يتوقع أن يتصاعد الصراع ويتغذى بتراكم الخلافات وتجددها، ليعيد مرة أخرى إنتاج ما عرف بمفاصلة القصر والمنشية نهاية عام 1999.